1805年10月16日，查理完成在葡萄牙的所有事宜，启程返回马德里，而在巴黎的皇室各成员已在8月初就回到马德里。至此，全国巡游有点虎头凤尾的宣告结束。
令人意外的是，科鲁兹宫广场外汇集大批市民，他们并不是来抗议，而是自觉来给查理送行，这一幕也让外界十分诧异，说到底，查理是侵略者，为什么还会受到拥护和爱戴呢？
答案是，葡萄牙历史上就曾是西班牙的一部分，情感上容易接受，又同为信奉天主教，容易融合。
不要小看宗教信仰，翻开欧洲战争史，大部分都是宗教战争，就连土俄战争依旧存在宗教信仰的冲突，为什么沙俄越战越勇，因为他们清楚，当土耳其锋芒毕露的时候，整个欧洲都会本能的警惕，必要时，他们会帮助沙俄, 这就是同一种信仰的凝聚力。
其实最重要的原因, 还是葡萄牙民众看的了波旁帝国这些年的实实在在的变化，试想下, 跟一个老大，总比跟一个小瘪三强。
查理亲自下马车，来到跟前里斯本市民跟前。
“亲爱的臣民们，十分抱歉, 我要回首都处理一些事务, 不能再陪你们，祝福你们生活永远幸福，愿上帝保佑我们的国家永远安宁。”
“陛下万岁！”
“帝国万岁！”
查理话刚落，引来一片欢呼声, 响彻整个广场。
查理挥挥手, 临走前还把自己的海军三角帽，直接给一位激动流眼泪大胡子戴上。
“你配得上这顶帽子！”
皇帝的举动，又引来一片更加热烈欢呼声和掌声, 大胡子震惊之余，也不忘单膝跪地行礼，结果让在场的人纷纷效仿，人群就像风吹麦浪般，缓缓跪下。
查理看到这幕，眼角也有些湿润，默默挥手告别，转身上马车, 看着手中权杖, 感觉从未有过的重量。
波旁帝国皇室承办的《马德里皇家日报》事后报道这一消息，并评论道：“皇帝陛下在葡萄牙事件中, 不仅赢得军事胜利, 也赢得民心。”
10月26日，查理回到马德里, 第一个来觐见的自然是内阁首相萨瓦迪, 也顾不得皇帝旅途劳累, 带来一个令查理震惊的消息：
帝国位于北美海域考察船“飞天号”, 起火沉没，目前原因不明。
“飞天号”上的乘员可是有不少来自各所大学技术专家, 他们此行目的是勘测北美大陆矿产资源。
目前在欧洲，随着蒸汽机技术不断发展, 一场科技竞赛也悄然展开，波旁帝国自然要抢占这一前缘技术，这几年，每年都不断加大投入，皇家科学院，为此还成立科技团队，专门研究蒸汽机项目。
“飞天号”就是在这一背景下建造，作为科考船使用，没想到下水不到一年就发生沉没, 不仅财产人员损失，也是整个科学界的重大损失。