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共和历1943年，张博到达了老师们指定的考古地点，理所当然的发现了婆罗浮屠。作为佛教研究的权威人士和狂热分子自然开始了废寝忘食的考古和修复工作。
婆罗浮屠是作为一整座大佛塔建造的，从上往下看它就像佛教金刚乘中的一座曼荼罗，同时代表着佛教的大千世界和心灵深处。塔基是一个正方形，边长大约118米。这座塔共九层，下面的六层是正方形，上面三层是圆形。顶层的中心是一座圆形佛塔，被七十二座钟形舍利塔团团包围。每座舍利塔装饰着许多孔，里面端坐着佛陀的雕像。佛塔的建筑材料是取自附近河流的约5万5千立方米石料。这些石料被切成合适的大小，由人工运至建筑地点。石块之间用榫卯连接。建筑完工之后工匠们在石块上刻下浮雕。佛塔建有良好的排水系统，以适应当地的暴雨。为防积水，每个角上都有装饰着滴水嘴兽的排水孔，整座佛塔共有100个这样的排水孔。
婆罗浮屠和其它同类的建筑有很大的差异。它被建于一座山上，而不是平地。不过建筑工艺和爪哇的其它庙宇相似。由于它的实心结构和类似金字塔的造型，人们起初认为婆罗浮屠是一座舍利塔，而不是庙宇。舍利塔的目的是供奉佛陀，有时也仅仅是一种虔诚的标志。而庙宇则是在房屋中供奉佛陀，并且给信徒参观朝拜。然而从婆罗浮屠的精心设计和建造来看，它事实上是一座庙宇。婆罗浮屠的台阶和走廊引导信徒们拾级而上，直至顶层。婆罗浮屠的每一层都代表着修炼的一个境界。信徒们的朝拜路线装饰着象征佛教大千世界的各种图案。
爪哇的民间传说认为gunadharma是婆罗浮屠的建筑师。人们对他所知甚少。他在建造过程采用的基本长度单位称为tala，是指人脸上从前额发际到下颌底部的距离，或者是尽量伸展拇指和中指时两个指尖的距离。显然这样的长度单位因人而异，但佛塔的度量十分精确。1977年的一次统计发现佛塔各部分经常形成4：6：9的比例。随后人们在附近的佛教庙宇发现了同样的比例。考古学家猜想这一比例具有历法、天文和宇宙观的意义，就像柬埔寨的吴哥窟。
从垂直方向上我们可以将主要建筑分为塔基、塔身和塔顶三个部分。塔基是一个边长为123米的正方形，高4米。塔身由五层逐渐缩小的正方形构成。第一层距塔基的边缘7米，然后每层以2米的差距缩小，留下狭长的走廊。塔顶由三层圆形构成，每一层上建有一圈多孔的舍利塔，三层的舍利塔形成三个同心圆。正中是一座主要的圆塔，圆塔的顶端是整座建筑的最高处，离地35米。婆罗浮屠每一边的中间都有入口，总共有32只石狮子看守着四个入口，每个入口都有台阶通向塔顶。佛塔的主入口在东边，浮雕上的故事从这里开始。山坡上有台阶通往山下的平地。
佛塔的三个部分代表着通往佛教大千世界的三个修炼境界，即：欲界、色界和无色界。塔基代表欲界，五层的塔身代表色界，而三层圆形的塔顶和主圆塔代表无色界。色界的细致装饰的方形在无色界演化为毫无装饰的圆形，象征着人们从拘泥于色和相的色界过渡到无色界。