神盾局。
内部所属的特殊监狱之内，时常关押着一些“特殊人物”，而弗林特・马尔科，目前有幸成为了其中一员。
对于这个混蛋来说，他的生活可谓是发生了天翻地覆的变化。
地狱厨房没了，马吉亚帮没了，连自己老大锤头也不知去向。
弗林特的好日子算是走到头了！！
尤其是，在上一次的纽约。
锤头参与了由月光・莫利亚所发动的僵尸入侵纽约计划，他也被动的掺和其中。
这直接导致在计划失败之后，所有过往的一切全部崩盘。
那一晚。
在事情失败之后，弗林特独自一个人逃往了城市的另一端，去往避难灾民的安全点，想要找出一条生路。
然而。
事与愿违的是。
当弗林特遇到那位神神叨叨，身穿一身破烂，却喊着要拯救纽约的“不朽先生”时……弗林特走到了倒霉的顶点！
完全没有搞清楚发生了什么。
等弗林特反应过来的时候，已经被某个特工组织所抓获了，并且关进了一处从未听过名字的秘密监狱中。
原本他以为，自己的人生就这么完了。
接下来的生活。
就是在秘密机构的拷问，和对自己人生罪孽的忏悔中度过了。
然而！
这个特工机构就像是把他遗忘了似的，只是在最开始的时候询问了他一些大概的细节。
把他关进这处监狱之后，就没有人再过问他什么了。
这其实也不怪神盾局。
毕竟在上一次纽约之战结束后，需要解决的问题实在是太多。
最主要的。
当然就是交叉骨所抓捕回来的实验体，造成僵尸入侵纽约的罪魁祸首，月光・莫利亚了！
由于事情闹得太大。
军方和各个秘密机构不断扯皮，为了确定“实验体”的归属，以及各种利益的分割，这就涉及到了很大的麻烦事。
而关于科研部门。
封印魔人奥兹的法器“魏征的坛子”，还有盛放了“山之魔气”的封印器具，这些都是重点观测目标。
虽然因为“法师”老爹所提出的危险警告，本着小心谨慎的原则，尼克弗瑞不敢直接进行试验。
可小范围的记录数据，样本观察是免不了的，所以科研部门也很忙。
而关于后勤特工小组。
一方面关于尼克弗瑞在之前定下的计划，纽约异常人口信息资料排查。
虽然忙碌了一阵子，并没有发现什么特殊人物，可既然是局长先生交代的，下面的人自然要踏踏实实的做。
这就占用了大量的人力物力。
而同时因为最后纽约战局之上，在里包恩的授意下，库洛姆直接控制了所有的神盾局特工，并且在那之后清除了他们的记忆。