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南科大和深海大学一前一后成立，两所大学的校园又仅有一条马路之隔，所以难免被放在一起比较。
深大的背后是深海特区政府在大力支持，划拨给校方的5000万人民币建设资金，都是从市财政预算中努力挤出来的，国家和省里没有给过一分钱。
而南科大背后站着的是世界首富“财神李”，南科大的第一笔捐款正是来自于东方集团。东方集团向南科大捐赠了5000万美元，其中第一笔3000万美元的资金，在去年学校筹备委员会刚刚成立时，就已经一次性拨付到位。剩余的2000万美元，从今年开始分四年拨付。
而李轩名下的公益基金——东海基金，随后也承诺将从1985学年开始，每年向南科大捐赠2500万美元用于维持日常运转，持续时间为10年，总计将向南科大捐赠2.5亿美元。
单单是李轩一个人就已经认捐了3亿美元，而南科大的5名执行董事中的另一名非官方成员，被誉为“红色资本家”的霍老，也一口气捐赠了1000万美元。
此外10名非执行董事中，有6人还要请了多位香港名流加入。其中包括澳门赌王何宏燊先生，他认捐4000万港币，将为南科大新建一座图书馆。许士勋先生《也代表许氏家族认捐3000万港币，来为南科大新建一座体育馆。而邵谊夫先生也同样认捐了3000万港币，为南科大新建一栋行政楼。
此外在李轩和霍营东两位执行董事的努力筹款下。像郭德胜、包俞刚、李嘉城等港九富豪也都纷纷慷慨解囊。截止至今年六月，在不计算李轩认捐的2.5亿美元的情况下，南科大募集到的资金。就已经高达3.15亿港元（约为4000万美元）。
而在加上李轩拨付的资金，南科大的账户上实际到账的现金已经达到1亿美元。如此强大的筹款能力，也是李轩能够说服中央高层同意，在特区成立一所体制外的试验大学的根本底气所在。
这也只有在八十年代这个国家极度缺乏资金，中央高层又处在摸着石头过河，勇于进行各种改革尝试的年代，向南方科技大学这样一所类似于西方私立大学的高等学府才有机会成立。如果时间再往后退十年。当国家政策收紧之后，李轩就算愿意砸再多的钱也无济于事。
而现在中-央高层的气度也很大，既然同意了李轩筹建实验大学的想法。也就干脆直接撒手把新大学的筹建工作，都甩给了李轩来负责。但李轩却非常小心翼翼的掌控着，自己和东方集团介入的尺度。
他筹建南科大的目的，是为了给东方集团今后的发展。寻找一个学术和科研的支撑点。只要南科大建在深海特区。对李轩和东方集团来说，就已经得到了主场优势，根本无惧其他竞争对手来争夺对南科大的影响力。
至于彻底把南科大掌控在自己手中，李轩根本就没有这个打算，也不敢有这个打算。教育对一个国家来说，其实是很敏-感的一个领域。后世的中国只是在美国创办了几所推广汉语的孔子学院，美国的许多教授和议员，都不断的攻击中国政府不怀好意。