水军第二番队，该番队原来的驻地为肥前国松浦郡的平户港、五岛的城山城、五岛的江川城、彼杵郡的福田城，而此次该番队驻地将更改为肥前国松浦郡壹岐水道的马渡岛、平户港、五岛的城山城、五岛的江川城、彼杵郡的福田城；肥后国的南部的水洖城、久玉城、堂崎城、志岐城。。。
该番队所管辖的海域从西往东分别为玄界滩（包含位于岐岐水道中的呼子湾）、伊万里湾、平户湾、五岛滩（即五岛海域地区）、角力滩、大村湾、天草滩、橘湾、有明海、岛原湾、八代海。其中伊万里湾、桔湾、大村湾、有明海、岛原湾、八代海实际上已经为罗氏家的内海，该番队主要防备精力集中在对外的玄界滩（包含位于岐岐水道中的呼子湾）、平户湾、五岛滩（即五岛海域地区）、天草滩这些海域则可。
该水军番队主要防备南面的明国海盗势力以及东面的岛津家水军势力，同时负责向途经本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。必要时还要与联合北面的第一水军番队，联合保证两个水军番队所管辖海域的安全。
水军第三番队，常备从原来的八百人增加到一千二百人，战船方面有小早二百艘，荷船（即运兵船或者运输船）四十二艘，关船一百二十艘，小型福船一艘，主将为田尾政虎，副将为大矢野种乡、鹤田直、有浦高。
该番队原驻地为南肥后八代郡的球磨川出海口附近的八代城，除此地之外。番队将分出数个小队。分别驻扎在天草郡的栖本城以及志岐城、久玉城。主要守护区域是橘湾、天草滩以及八代海，防备来自海上的威胁，尤其是萨摩海域岛津家水军的海上威胁，同时负责向途经本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
这一次政良准备将该番队的驻地更改为九州丰后国的岐埠城、海城（该城砦位于丰后水道的一处岛屿当中）、栗山城，该番队所管辖的海域包括丰后水道、津久见湾、臼许湾、宇和岛湾、别府湾、周防湾、関门海峡，其中臼许湾、别府湾、周防湾、関门海峡目前已经是罗氏家的内海，该番队只要守卫好丰后水道、津久见湾、宇和岛湾这三处海域。就可以保证罗氏家内海以及沿海领地的安全了。该番队主要防备的是四国以及九州南部地区众势力的海上力量的威胁，必要时配合罗氏家的各番队对这两个地区进行攻略。同时，还需要负责向途经本家所在海域的商船收取一定的过路费，并保证这些船只的安全。
在该番队从南肥后海域迁移到丰后国海域后，该番队原本的驻地之一的天草郡栖本城将会被罗氏家奴隶队伍所拆除，而志岐城、久玉城，以及其负责守护的区域橘湾、天草滩以及八代海等地将会移交给第二水军番队。
水军第四番队方面，该番队的常备从原来的八百人增加到一千二百人，战船方面有小早二百二十艘，荷船（即运兵船或者运输船）五十艘。关船一百三十艘，小型福船一艘。主将为村上武吉、若林越后守，副将为宇土行兴、佐须盛圆、波多隆。