事到如今，郑芝龙终于坚持不住了，随着陆上军事的失败，郑家在陆上已经没有了和大中军继续对抗的本钱，而且郑芝龙也看出来，大中军近期水师发展的速度远超过了他以前的预料，大中朝通过一年时间的招降纳叛、编练水卒、搜罗船只以及大力新造战船等多管齐下的手段，使得大中军海师的力量突飞猛进，从最初只能在沿海小规模的和郑军水师对抗，发展到了近期可以在海上集结起来近二百条各式战船，和郑家水师进行正面的对决，郑芝龙也看出来，这大中朝的新皇帝，铁了心要大力发展大中朝的水师力量。
而大中朝现在掌握了几乎大半个中国，一旦集中财力、物力、人力来办一件事的话，那么这种力量将会是极为可怕的，而他郑家虽然号称富可敌国，但是毕竟掌握的资源仅有福建一带，现如今随着和大中朝对抗，他们郑家的储备正在源源不断的被耗费掉，再加上近期红毛人们不约而同的采取了对他郑家的敌视态度，断掉了对郑家武器的供应，使得郑家早已陷入了入不敷出的境地。
此消彼长之下，大中军会越来越强，不单单是陆上的力量，包括在海上的力量，估计用不了一两年时间，便可以大大超出他郑家水师，如此下去，迟早有一天，他郑家会被大中朝彻底从这个世上抹去。
整个郑家上下，到了这个时候都意识到已经到了他们生死攸关的时刻，现在再不投降的话，那么今后恐怕连投降他们都没有机会了。
于是在十月间，随着陆上和海上战事两方失利的情况下，郑芝龙最后一次召集了亲信部下，商议下一步该如何是好。
对于他这个海盗集团的头子来说，什么对大明的忠诚，根本就谈不上，他更多考虑的还是家族和个人利益的问题，通过商议之后，他手下大部分人都承认，继续和大中朝对抗下去，已经不是上策了，趁着现在他们的力量还能在大中朝卖出一个比较好的价钱，他们决定放弃继续和大中朝为敌下去的想法，正式向大中朝投顺称臣。
当然也有少量的人不想投顺大中朝，但是这些人已经无法左右郑芝龙的决定了，郑芝龙终于在十月二十，眼看着大中军几路大军就要兵临泉州府的情况下，亲自找到了住在泉州的大中朝使臣张天成以及钱谦益，宣布郑家上下愿意接受大中朝的条件，正式投顺大中朝，成为大中朝的顺民，并且郑芝龙亲自上书大中皇帝肖天健，自称有罪，表示从此之后郑家只继续做海商，绝不再试图和大中朝为敌，希望大中皇帝肖天健能对他们郑家宽容，既往不咎。
张天成很快便派信使以八百里急报的速度，将郑家投降的消息传回了南京城之中，与此同时石冉和刘耀本也都暂停了对泉州府的进攻。
而张天成的信使尚未回到南京城之中，十月二十二日晚，肖天健便提前通过兵部特情处信鸽传递消息的途径，得知了郑芝龙的投降，于是连夜便将内阁大臣召集到了宫中议事。
肖天健的心情十分激动而且高兴，郑家的事情，这一年多来，一直都是他的心病，他最担心的就是郑芝龙不肯投降他的大中朝，即便是在陆上失败之后，继续依靠着他们雄厚的海上力量，在海上和大中朝进行对抗，从原来的历史上他很清楚，一旦事情发展到那样的地步的话，他想要彻底将郑家集团剿灭，最起码也要耗费十年甚至二十年的时间，才能将郑家的海上势力剿灭。